L'isola fu popolata fin dal 1500 a.C. dai Fenici, i greci  la chiamarono Osteodes (ossario), in ricordo dei 6000 mercenari Cartaginesi lasciati sull'isola a morire di fame nel IV secolo a.C..
I romani la rinominarono Ustica, dal latino ustum che significa bruciata, a causa delle sue rocce , è un’isola a nord di Palermo.
Risulterebbe abitata sin dal Neolitico (4000 a.C.), come attestano i reperti rinvenuti nella grotta di San Francesco Vecchio e nella grotta Azzurra.
All’età del Bronzo (1400-1200 a.C.) appartengono resti di notevole importanza rinvenuti presso il villaggio dei Faraglioni, che ci mostra una cinta fortificata a forma di ferro di cavallo, all’interno della quale erano racchiuse le capanne, la cui sistemazione regolare  conduce a presumere l’esistenza di una comunità molto bene organizzata.
durante gli scavi sono state recuperate delle ceramiche decorate a fasce rettilinee incise e i grandi pithoi usati per gli inumati.
Nell’isola è stata, inoltre, scoperta una necropoli tardo-romana, di cui fanno parte anche 4 ipogei paleocristiani.
Nella Torre di Santa Maria, che risale al XV secolo, sono visibili antichi oggetti di recupero.
Nel VI secolo vi si stabilì una comunità Benedettina, ma fu ben presto costretta a spostarsi a causa delle imminenti guerre fra Cristiani ed Arabi. Nel Medioevo fallirono dei tentativi di colonizzare l'isola a causa delle incursioni dei pirati barbareschi, che fecero dell'isola un proprio rifugio.
Nel XVIII secolo i Borboni vi insediarono,delle famiglie provenienti dalle Eolie e dalla Sicilia con un centinaio di soldati.
L’isola oggi è zona naturalistica protetta.